Bolsas de mestrado e doutorado devem ser solicitadas diretamente à FAPESP.
Para doutorado-sanduíche é possível concorrer a bolsas do DAAD ou aos editais do Programa USP-Print.
Havendo bolsas concedidas pela CAPES ao Programa, são abertos editais internos dos quais podem participar todos os alunos do Programa. Em 2019, o Programa recebeu 4 bolsas de mestrado e 5 bolsas de doutorado.